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有机肥是经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的******物质，其中不仅含有植物所需的大量元素、微量元素，还含有丰富的有机养分，对植物和土壤都有很大的作用。但是有机肥的制作加工很难，在制作过程中有以下几个难点急需解决。1、一种微生物具有提供植物营养功能（如固氮***等），但不一定能具有分解污染的能力（即分解物质的***）。要实行***转移十分困难，还要巨大的***；2、土壤污染物种类很多，现已有105种以上的物质对环境造成了污染。这些污染物结构和化学成分各不相同，所以不可能用105种微生物混合一起来做成制剂。***转移更难以达到；3、生物***和生物除莠剂等的原理和差异十分巨大，原则上为一菌一种用途。所以只能制成单一的菌剂。而且发挥作用的时间较长；4、生物肥料中的菌剂有些不是典型的土壤微生物，当其制成菌剂施入土壤后难以成活，而且在使用前通常也只能保持3个月的货架期。

机肥使用方法：1、全层施肥。在翻地前将有机肥料撒在地表，随着翻地将肥料翻入土壤中。这种施肥方法简单，省力。肥料施用均匀，但肥料利用率低。目前，这种方法适用于用量大、养分含量低的精制农家肥的施用。2、集中施肥。腐熟程度高的有机肥(如商品有机肥)一般采用在定植施用或挖沟施用的方法，将其集中施在作物根系部位，可充分发挥其肥效。3、追肥施用。腐熟程度高的有机肥(如沼气肥)养分含量高，可作追肥施用。4、有机肥料和无机肥料配合施用。有机肥料与无机肥料优缺点各异，生物有机肥，长期的农业生产实践证明，单施有机肥料或无机肥料，生物有机肥，都不能适时、适量满足作物生长的需要，只有两者配合施用，生物有机肥价格，才能充分发挥各自的优点，两者取长补短，互相补充，缓急相济，充分发挥肥料的增产潜力，达到高产和培肥改良土壤的双重效果。

生物有机肥中的枯草芽孢等有益微生物利用土壤中的有机质，产生的次级代谢物中含有大量的促生长类物质，生物有机肥怎么用，如：生长素能促进植物伸长生长，脱落酸能促进果实成熟，赤能促进开花坐果，增加开花数、保果率等。在多种促生长类物质的调节下，可以使作物产量提高、品质提升，达到增产增收可促进土壤有益微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性。